1945년 해방 후 90세 할머니와 온가족들을 데리고 귀국하여 평북 선천으로 돌아왔다. 귀국하여서 안산교회를 시무하면서 평북노회 노회에서 목사 안수를 받았다.

1946년 11월 3일 주일선거 불용, 기독교도연맹가입 거부한 이유로 1947년 보안서에 끌려가서 협박을 받고 2차로 끌려가서 무자비한 고문을 당해 고막이 파괴되고 얼굴과 온몸에 피멍이 들어 구렁이 감은 듯 맞고 실신하여 업혀나왔을때 90노모는 충격으로 숨을 거두었으니 얻어맞고 업혀들오는 모습은 참아 눈을 뜨고 볼 수 없었던 것이다. 조모의 장례를 치룬 그는 슬픔을 견디지 못하고 안산교회를 떠나 마산교회로 자리를 옮겼다. 그런데 마산교회에서 막내 동생 주계명의 중학교 입학 불합격 통보를 받자 더 이상 목사들이 북한에서는 설 자리가 없게 되었구나 하고 1949년 7월 단신월남하여 서교동교회를 목회하면서 밤에는 삼각산에 들어가 기도하고 낮에는 공원에 나타나 스데반과 같은 사자후를 토할 때 많은 사람들이 귀를 기우렸다.

주목사는 주어진 생을 주님 위해 적극적으로 살겠다는 일념으로 더욱 기도생활에 정진했고 전도생활에 적극성을 띠었다. 삼각산에 들어가 기도로 부르짖고 낮이면 파고다 공원으로 나와 노방전도를 했다. 월남 후 2년 반만에 1950년 한국전쟁이 터지자 모두 피난가고 피난을 권했지만 "북에서 성도 다 떼어놓고 온 내가 또 어디까지 도망치겠소. 이제 나는 여기 남아서 교회를 사수하겠소!" 그는 적 치하에서도 주일이면 예배를 드렸다.

그것도 몇주일뿐 내무서에서 허락하지를 않았다. 교인은 떠나고 교회당 문은 닺히고 목사의 가족은 먹을 양식이 없었다. 그는 리어카를 끌며 아현동 굴레방 다리로 나가 배추와 야채를 받아다 남대문시장에 팔아 끼니를 이어가며 교회를 사수하다가 8월 중순 내무서원의 소환장을 받고 서대문 형무소에 갇혀 있다가 우익인사와 함께 납북돼 끌려가 소식이 끊겼고 1953년 주재명목사의 순교소식이 동아일보 보도에 실렸다.

남쪽에서 끌려온 납북인사들 중에는 강계교화소에 수감돼 있는 이들이 있었는데 공산당은 어느날 갑자기 그들을 처형시켰다. 그중에 주재명 목사도 끼어있었다. 서교동교회는 1986년부터 주재명목사 순교기념 신학 공개강좌를 연행사로 갖고 있다.